Sequence Harmony Statistics, Clustering and Secondary Structure

From Master Projects
Jump to: navigation, search


Sequence Harmony Statistics, Clustering and Secondary Structure
status: finished
Master: project within::Bioinformatics
Student name: student name::Esther Lips
Dates
Start start date:=2009/05/01
End end date:=2009/08/31
Supervision
Supervisor: Anton Feenstra
Second reader: has second reader::Jaap Heringa
Poster: has poster::Media:Media:Posternaam.pdf

Signature supervisor



..................................

Abstract

De Sequence Harmony methode heeft op dit moment geen maat voor statistische significantie. Ook wordt niet optimaal gebruik gemaakt van (spatiele of sequentiele) localiteit van specificiteitsresiduen.

Clustering van residuen geselecteerd op basis van specificiteit tussen eiwitfamilies (met Sequence Harmony - SH - of Multi-Relief - MR). Functionele residuen in eiwitten staan meestal niet op zich, ze komen voor in groepjes lokaal in de eiwitstructuur. De 'specificity detecting' methodes SH en MR maken daar nog niet optimaal gebruik van. Clustering kan gedaan worden in de 3D structuur, maar ook op basis van (voorspelde) secundaire structuur. Een aantal bestaande clusteralgorithmes zal geimplementeerd worden in SH en/of MR voor clustering in de 3D structuur. Resultaten worden gevalideerd aan de hand van bekende sites en structuren in een 7-tal eiwitfamilies, waaronder LacI, GPCR, Ras en Smad.