Difference between revisions of "Analyzing HIV ENV functional specificity to explain differences in neutralization between HIV patient groups"

From Master Projects
Jump to: navigation, search
 
Line 3: Line 3:
 
|Student name=Linda Rijsdijk
 
|Student name=Linda Rijsdijk
 
|Project start date=2012/02/20
 
|Project start date=2012/02/20
|Project end date=2012/07/20
+
|Project end date=2012/08/20
 
|Supervisor=Anton Feenstra
 
|Supervisor=Anton Feenstra
 
|Second supervisor=André Klein
 
|Second supervisor=André Klein
 
|Company=HS Leiden
 
|Company=HS Leiden
|Finished=No
+
|Finished=Yes
 
|Thesis=Thesis.pdf
 
|Thesis=Thesis.pdf
 
|Poster=Posternaam.pdf
 
|Poster=Posternaam.pdf

Latest revision as of 15:27, 5 December 2012


Analyzing HIV ENV functional specificity to explain differences in neutralization between HIV patient groups
status: finished
Master: project within::Bioinformatics
Student name: student name::Linda Rijsdijk
Dates
Start start date:=2012/02/20
End end date:=2012/08/20
Supervision
Supervisor: Anton Feenstra
Second supervisor: André Klein
Company: has company::HS Leiden
Thesis: has thesis::Media:Thesis.pdf
Poster: has poster::Media:Posternaam.pdf

Signature supervisor



..................................

Abstract

Tussen HIV geïnfecteerde (AIDS) patiënten bestaan grote verschillen de respons van het immuunsysteem op het virus. Hiermee samenhangend, vertoont het virus verschillende (adaptieve) variaties in zijn genoom. In dit project zal worden onderzocht in hoeverre verschillen in het ENV eiwit van HIV correleren met de verschillen in immuunrespons tussen patiënten. Met name zal gekeken worden naar de antistof respons die breed, intermediate, of niet breed kan zijn. Deze verschillen zijn van belang voor de ontwikkeling van een effectief vaccin, omdat daarvoor een respons met breed-neutralizerende antistoffen nodig is. Doel van het project is om, voor zover mogelijk, deze verschillen in immuunrespons te verklaren uit de waargenomen verschillen tussen het ENV eiwit.

Voor dit project is een dataset beschikbaar van 132 ENV sequenties van 33 patiënten die verschillende immuunrespons (IC50) laten zien op een panel van 'standaard' HIV virussen, en geclassificeerd in 'Broad', 'intermediate' en 'Non-broad' respons. Daarnaast zijn er verschillende kristalstructuren beschikbaar van (domeinen van) het ENV eiwit. Met behulp van de [Multi-Harmony webserver] zullen verschillen tussen de virussen van de verschillende patiëntgroepen in kaart worden gebracht, en met behulp van de structuur zullen daaruit conclusies worden getrokken over de functie van deze verschillen.