Difference between revisions of "Protein interaction specificity methods"

From Master Projects
Jump to: navigation, search
 
(2 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 2: Line 2:
 
|Master name=Bioinformatics
 
|Master name=Bioinformatics
 
|Student name=Timo Maarleveld
 
|Student name=Timo Maarleveld
|Student number=1621041
 
 
|Project start date=2009/05/01
 
|Project start date=2009/05/01
 
|Project end date=2009/06/30
 
|Project end date=2009/06/30
 
|Supervisor=Anton Feenstra
 
|Supervisor=Anton Feenstra
|Finished=No
+
|Finished=Yes
|Poster=Image:Bacheloreindopdracht Timo Maarleveld.pdf
+
|Poster=Bacheloreindopdracht Timo Maarleveld.pdf
 
}}
 
}}
 
Protein-protein interaction (PPI) specificiteit is geanalyseerd door Anita de Ruiter met Sequence Harmony in het project '[[Protein interactions and sequence specificity]]'. Deze analyses zijn gedaan aan een grote dataset met orthologe groepen eiwitten en bijbehorende interactie data. We weten dus welke eiwitten (en dus ook de orthologen) interactie hebben, en welke niet. Nu zoeken we paralogen waarbij het ene eiwit wél en de paraloog géén interactie heeft (met een ander eiwit). De verschillen tussen die eiwitten (of liever, tussen de bijbehorende orthologe groepen) zouden iets moeten zeggen over de interactie.
 
Protein-protein interaction (PPI) specificiteit is geanalyseerd door Anita de Ruiter met Sequence Harmony in het project '[[Protein interactions and sequence specificity]]'. Deze analyses zijn gedaan aan een grote dataset met orthologe groepen eiwitten en bijbehorende interactie data. We weten dus welke eiwitten (en dus ook de orthologen) interactie hebben, en welke niet. Nu zoeken we paralogen waarbij het ene eiwit wél en de paraloog géén interactie heeft (met een ander eiwit). De verschillen tussen die eiwitten (of liever, tussen de bijbehorende orthologe groepen) zouden iets moeten zeggen over de interactie.
  
 
Naast Sequence Harmony zijn er ook andere methoden voorhanden. Zelf hebben we multi-Relief, en verder zijn er onder andere TreeDet, SDPpred en ProteinKeys. Deze methodes zullen getest worden op dezelfde dataset. De resultaten van de verschillende methodes (SeqHarm, multi-Relief, TreeDet, SDPpred, ProteinKeys) worden vergeleken op voorspellende waarde (kwantitatief) en op verschillen in de voorspelde residuen (kwalitatief; welk soort sites pikt de ene methode wél op en de andere niet).
 
Naast Sequence Harmony zijn er ook andere methoden voorhanden. Zelf hebben we multi-Relief, en verder zijn er onder andere TreeDet, SDPpred en ProteinKeys. Deze methodes zullen getest worden op dezelfde dataset. De resultaten van de verschillende methodes (SeqHarm, multi-Relief, TreeDet, SDPpred, ProteinKeys) worden vergeleken op voorspellende waarde (kwantitatief) en op verschillen in de voorspelde residuen (kwalitatief; welk soort sites pikt de ene methode wél op en de andere niet).

Latest revision as of 15:40, 15 March 2010


Protein interaction specificity methods
status: finished
Master: project within::Bioinformatics
Student name: student name::Timo Maarleveld
Dates
Start start date:=2009/05/01
End end date:=2009/06/30
Supervision
Supervisor: Anton Feenstra
Poster: has poster::Media:Bacheloreindopdracht Timo Maarleveld.pdf

Signature supervisor



..................................

Abstract

Protein-protein interaction (PPI) specificiteit is geanalyseerd door Anita de Ruiter met Sequence Harmony in het project 'Protein interactions and sequence specificity'. Deze analyses zijn gedaan aan een grote dataset met orthologe groepen eiwitten en bijbehorende interactie data. We weten dus welke eiwitten (en dus ook de orthologen) interactie hebben, en welke niet. Nu zoeken we paralogen waarbij het ene eiwit wél en de paraloog géén interactie heeft (met een ander eiwit). De verschillen tussen die eiwitten (of liever, tussen de bijbehorende orthologe groepen) zouden iets moeten zeggen over de interactie.

Naast Sequence Harmony zijn er ook andere methoden voorhanden. Zelf hebben we multi-Relief, en verder zijn er onder andere TreeDet, SDPpred en ProteinKeys. Deze methodes zullen getest worden op dezelfde dataset. De resultaten van de verschillende methodes (SeqHarm, multi-Relief, TreeDet, SDPpred, ProteinKeys) worden vergeleken op voorspellende waarde (kwantitatief) en op verschillen in de voorspelde residuen (kwalitatief; welk soort sites pikt de ene methode wél op en de andere niet).