Difference between revisions of "Protein interaction specificity methods"
| Line 9: | Line 9: | ||
|Poster=Media:Posternaam.pdf | |Poster=Media:Posternaam.pdf | ||
}} | }} | ||
| − | Protein-protein interaction (PPI) specificiteit is geanalyseerd door Anita de Ruiter met Sequence Harmony in het project '[[ | + | Protein-protein interaction (PPI) specificiteit is geanalyseerd door Anita de Ruiter met Sequence Harmony in het project '[[Protein interactions and sequence specificity]]'. Deze analyses zijn gedaan aan een grote dataset met orthologe groepen eiwitten en bijbehorende interactie data. We weten dus welke eiwitten (en dus ook de orthologen) interactie hebben, en welke niet. Nu zoeken we paralogen waarbij het ene eiwit wél en de paraloog géén interactie heeft (met een ander eiwit). De verschillen tussen die eiwitten (of liever, tussen de bijbehorende orthologe groepen) zouden iets moeten zeggen over de interactie. |
Naast Sequence Harmony zijn er ook andere methoden voorhanden. Zelf hebben we multi-Relief, en verder zijn er onder andere TreeDet, SDPpred en ProteinKeys. Deze methodes zullen getest worden op dezelfde dataset. De resultaten van de verschillende methodes (SeqHarm, multi-Relief, TreeDet, SDPpred, ProteinKeys) worden vergeleken op voorspellende waarde (kwantitatief) en op verschillen in de voorspelde residuen (kwalitatief; welk soort sites pikt de ene methode wél op en de andere niet). | Naast Sequence Harmony zijn er ook andere methoden voorhanden. Zelf hebben we multi-Relief, en verder zijn er onder andere TreeDet, SDPpred en ProteinKeys. Deze methodes zullen getest worden op dezelfde dataset. De resultaten van de verschillende methodes (SeqHarm, multi-Relief, TreeDet, SDPpred, ProteinKeys) worden vergeleken op voorspellende waarde (kwantitatief) en op verschillen in de voorspelde residuen (kwalitatief; welk soort sites pikt de ene methode wél op en de andere niet). | ||
Revision as of 09:14, 20 April 2009
| Protein interaction specificity methods | |
|---|---|
status: ongoing
| |
| Master: | project within::Bioinformatics |
| Student name: | student name::Timo Maarleveld |
| number: | student number::1621041 |
| Dates | |
| Start | start date:=2009/05/01 |
| End | end date:=2009/06/30 |
| Supervision | |
| Supervisor: | Anton Feenstra |
| Poster: | has poster::Media:Media:Posternaam.pdf |
Signature supervisor
..................................
Abstract
Protein-protein interaction (PPI) specificiteit is geanalyseerd door Anita de Ruiter met Sequence Harmony in het project 'Protein interactions and sequence specificity'. Deze analyses zijn gedaan aan een grote dataset met orthologe groepen eiwitten en bijbehorende interactie data. We weten dus welke eiwitten (en dus ook de orthologen) interactie hebben, en welke niet. Nu zoeken we paralogen waarbij het ene eiwit wél en de paraloog géén interactie heeft (met een ander eiwit). De verschillen tussen die eiwitten (of liever, tussen de bijbehorende orthologe groepen) zouden iets moeten zeggen over de interactie.
Naast Sequence Harmony zijn er ook andere methoden voorhanden. Zelf hebben we multi-Relief, en verder zijn er onder andere TreeDet, SDPpred en ProteinKeys. Deze methodes zullen getest worden op dezelfde dataset. De resultaten van de verschillende methodes (SeqHarm, multi-Relief, TreeDet, SDPpred, ProteinKeys) worden vergeleken op voorspellende waarde (kwantitatief) en op verschillen in de voorspelde residuen (kwalitatief; welk soort sites pikt de ene methode wél op en de andere niet).
