Research Questions in Bioinformatics

From Master Projects
Revision as of 15:16, 6 November 2013 by Feenstra (talk | contribs)

Jump to: navigation, search

Doel vak:

  • kennismaken met 'echt' wetenschappelijk onderzoek
  • formuleren van een onderzoeksvraag & hypothese
  • zelfstandig 'diep' gaan in een specialistisch onderzoeksonderwerp
  • het uitgevoerde onderzoek in context plaatsen

Meer informatie in de studiegids.

Je kiest eerst een onderwerp in de bioinformatica en/of systeembiologie. Je kunt dit doen op basis van wat je in de vakken Principles of Bioinformatics en/of Principles of Systems Biology langs hebt zien komen.

Op dit onderwep ga je de volgende vier onderdelen doen:

  1. je krijgt van een van onze promovendi een recent paper om in te duiken. Je kijkt ook mee met gerelateerd onderzoek waar de promovendus op dit moment mee bezig is (je gaat zelf niet mee werken). De focus is op het begrijpen van de onderzoeksvraag.
  2. je duikt dieper het onderwerp in aan de hand van twee of drie extra papers. De focus is op het zien hoe de onderzoeksvraag op verschillende manieren aangepakt wordt (in de verschillende papers).
  3. je schrijft een kort populair-wetenschappelijk artikel waarin je de context van het onderzoek schetst en de onderzoeksvraag uitdiept.
  4. je maakt een presentatie.

Artikel:

De inhoud van het artikel moet als volgt zijn:

  • 1000 woorden tekst (max 10% afwijking)
  • drie figuren: eentje schematische samenvatting onderzoeksmethode, tenminste eentje resultaten (grafiek met verduidelijking).

Jullie gaan zelf elkaars artikelen beoordelen en feedback geven. Daarbij moeten jullie letten op de volgende criteria:

  • Helderheid onderzoeksvraag (wat)
  • Duidelijke omschrijving methode (hoe)
  • Welke doorbraken waren noodzakelijk voor het huidige onderzoek?
  • Waar kan dit onderzoek in de toekomst (15-25 jaar) voor gebruikt worden?
  • Maatschappelijke relevantie (waarom moet hier geld aan besteed worden?)
  • Toegankelijkheid van de tekst (1e jaars student biologie/ informatica)

De beoordeling op deze 6 punten moet je onderbouwen met feedback van 10-15 woorden per punt.

Presentatie:

In de vorm van een poster, maar dan niet geprint maar geprojecteerd op de HD beamer in het Intertainlab (S1.11). Het plan is om uit de posters die minimaal een 8 gescoord hebben de beste/mooiste te kiezen, die we zullen printen en in onze gang (P1) ophangen! Je geeft een korte (5 minuten) samenvatting, en daarna is er ruimte voor vragen en discussie.

Beoordeling hiervan is op basis van vier punten:

  1. poster
  2. presentatie/samenvatting
  3. vragen beantwoorden/discussie (bij je eigen presentatie)
  4. vragen stellen/discussie (bij de andere presentaties).

Planning:

Het vak kan in periode 2 of 3 gevolgd worden, maar om organisatorische redenen is de eindpresentatie altijd in de laatste week van periode 3.

Stap 1 is individueel, en ook het meste werk (ongeveer 2/3) dus dat kan ook nu in Periode 2. De overige stappen (2, 3 en 4) hebben gezamenlijke elementen (peer review/feedback van het verslag, draft poster en de poster presentatie), afhankelijk van het aantal studenten die het in periode 2 of in periode 3 gaat doen, kan een deel van het werk pas in periode 3 afgerond worden. Laat ons graag even weten als je problemen verwacht met je planning.

deadlines:

  1. je moet nu eerst zelf een onderwerp kiezen (week 1 periode 2, of 1e helft week 1 periode 3)
  2. Verslag + draft poster halverwege:

  deadline einde periode 2, of einde week 2 in periode 3

  1. Beoordeling en feedback via peer review:

  deadline einde week 3 in periode 3

  1. Poster definitieve versie: einde (do) week 4 in periode 3
  2. Presentatie: vrijdag week 4 in periode 3