Research Questions in Bioinformatics

From Master Projects
Revision as of 11:14, 19 November 2013 by Feenstra (talk | contribs)

Jump to: navigation, search

Doel vak:

  • kennismaken met 'echt' wetenschappelijk onderzoek
  • formuleren van een onderzoeksvraag & hypothese
  • zelfstandig 'diep' gaan in een specialistisch onderzoeksonderwerp
  • het uitgevoerde onderzoek in context plaatsen

Meer informatie in de studiegids.

Je kiest eerst een onderwerp in de bioinformatica en/of systeembiologie. Je kunt dit doen op basis van wat je in de vakken Principles of Bioinformatics en/of Principles of Systems Biology langs hebt zien komen.

Op dit onderwep ga je de volgende vier onderdelen doen:

  1. je krijgt van een van onze promovendi een recent paper om in te duiken. Je kijkt ook mee met gerelateerd onderzoek waar de promovendus op dit moment mee bezig is (je gaat zelf niet mee werken). De focus is op het begrijpen van de onderzoeksvraag.
  2. je duikt dieper het onderwerp in aan de hand van twee of drie extra papers. De focus is op het zien hoe de onderzoeksvraag op verschillende manieren aangepakt wordt (in de verschillende papers).
  3. je schrijft een kort populair-wetenschappelijk artikel waarin je de context van het onderzoek schetst en de onderzoeksvraag uitdiept.
  4. je maakt een presentatie.

Poulair Wetenschappelijk Artikel:

Je schrijft een poulair wetenschappelijk artikel, zoals je kunt vinden in news@nature, New Scientist, Scientific American, National Geograpic, etc. De inhoud van het artikel moet als volgt zijn:

  • 1000 woorden tekst (max 10% afwijking)
  • drie figuren: eentje schematische samenvatting onderzoeksmethode, tenminste eentje resultaten (grafiek met verduidelijking).

Jullie gaan zelf elkaars artikelen beoordelen en feedback geven. Daarbij moeten jullie letten op de volgende criteria:

  1. Helderheid onderzoeksvraag (wat)
  2. Duidelijke omschrijving methode (hoe)
  3. Welke doorbraken waren noodzakelijk voor het huidige onderzoek?
  4. Waar kan dit onderzoek in de toekomst (15-25 jaar) voor gebruikt worden?
  5. Maatschappelijke relevantie (waarom moet hier geld aan besteed worden?)
  6. Toegankelijkheid van de tekst (1e jaars student biologie/ informatica)
  7. Figuren: duidelijk en layour
  8. Samenhang tussen de figuren en de tekst

De beoordeling op deze 6 punten moet je onderbouwen met feedback van 10-15 woorden per punt.

Presentatie:

In de vorm van een poster, maar dan niet geprint maar geprojecteerd op de HD beamer in het Intertainlab (S1.11). Je geeft een korte (5 minuten) samenvatting, en daarna is er ruimte voor vragen en discussie.

Beoordeling hiervan is op basis van vier punten:

  1. poster
  2. presentatie/samenvatting
  3. vragen beantwoorden/discussie (bij je eigen presentatie)
  4. vragen stellen/discussie (bij de andere presentaties). Dit kun je voorbereiden door de geschreven artikelen van te voren door te nemen.

Planning:

Het vak kan in periode 2 of 3 gevolgd worden, maar om organisatorische redenen is de eindpresentatie altijd in de laatste week van periode 3.

Onderdeel 1 (artikel schrijven) is individueel, en ook het meste werk (ongeveer 2/3) dus dat kan ook nu in Periode 2. De overige stappen (2, 3 en 4) hebben gezamenlijke elementen (peer review/feedback van het verslag, draft poster en de poster presentatie), afhankelijk van het aantal studenten die het in periode 2 of in periode 3 gaat doen, kan een deel van het werk pas in periode 3 afgerond worden. Laat ons graag even weten als je problemen verwacht met je planning.

deadlines:

  1. je moet nu eerst zelf een onderwerp kiezen (week 1 periode 2, of 1e helft week 1 periode 3)
deadline volgende week
di 26 nov
  1. Verslag + draft poster halverwege:
  deadline tweede helft periode 2 (vr 14 dec), of einde week 2 in periode 3 (vr 17 jan)
  1. Beoordeling en feedback via peer review:
  deadline eindd periode 2 (vr 21 dec), of einde week 3 in periode 3 (vr 24 jan)
  1. Poster definitieve versie: einde week 4 (do 30 jan 2014) in periode 3
  2. Presentatie: vrijdag week 4 (31 jan 2014) in periode 3